一、企業(yè)進行自我評價
企業(yè)在申請高新技術(shù)企業(yè)認定之前應(yīng)認真閱讀相關(guān)文件和認定標準，應(yīng)對照《認定辦法》進行客觀自我評價。認為符合認定條件的，則可在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上進行企業(yè)注冊登記。
二、網(wǎng)上進行注冊登記
企業(yè)登錄“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”按要求填寫《企業(yè)注冊登記表》，并通過網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)提交至認定機構(gòu)。認定機構(gòu)核對企業(yè)注冊信息，在網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)上確認后，企業(yè)可以開展后續(xù)申報工作。
三、企業(yè)提交材料
企業(yè)登錄“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”，按要求填寫《高新技術(shù)企業(yè)認定申請書》(附件2)，通過網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)提交至認定機構(gòu)，并向認定機構(gòu)提交下列書面材料：
1.《高新技術(shù)企業(yè)認定申請書》(在線打印并簽名、加蓋企業(yè)公章);
2.企業(yè)高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的關(guān)鍵技術(shù)和技術(shù)指標的具體說明，相關(guān)的生產(chǎn)批文、認證認可和、產(chǎn)品質(zhì)量檢驗報告等材料;
3.證明企業(yè)依法成立的《營業(yè)執(zhí)照》等相關(guān)注冊登記證件的復(fù)印件;
4.企業(yè)職工和科技人員情況說明材料，包括在職、兼職和臨時聘用人員人數(shù)、人員學(xué)歷結(jié)構(gòu)、科技人員名單及其工作崗位等;
5.經(jīng)具有資質(zhì)介機構(gòu)出具的企業(yè)近三個會計年度(實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限，下同)研究開發(fā)費用、近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發(fā)活動說明材料;
6.經(jīng)具有資質(zhì)的中介機構(gòu)鑒證的企業(yè)近三個會計年度的財務(wù)會計報告(包括會計報表、會計報表附注和財務(wù)情況說明書);
7.知識產(chǎn)權(quán)相關(guān)材料(知識產(chǎn)權(quán)證書及反映技術(shù)水平的證明材料、參與制定標準情況等)、科研項目立項證明(已驗收或結(jié)題項目需附驗收或結(jié)題報告)、科技成果轉(zhuǎn)化(總體情況與轉(zhuǎn)化形式、應(yīng)用成效的逐項說明)、研究開發(fā)組織管理(總體情況與四項指標符合情況的具體說明)等相關(guān)材料;
8.近三個會計年度企業(yè)所得稅年度納稅申報表(包括主表及附表)，對涉密企業(yè)，須將申請認定高新技術(shù)企業(yè)的申報材料做脫密處理，確保涉密信息，申報表必須有主管稅局加蓋業(yè)務(wù)專用章。
四、專家評審
認定機構(gòu)收到企業(yè)完整的申請材料后，組織專家審查，專家組長匯總各位專家分數(shù)，按分數(shù)平均值填寫《高新技術(shù)企業(yè)認定專家組綜合評價表》。具備條件的地區(qū)可進行網(wǎng)絡(luò)評審。認定機構(gòu)結(jié)合專家組評審意見，對申請企業(yè)申報材料進行綜合審查(可視情況對部分企業(yè)進行實地核查)，提出認定意見，確定認定高新技術(shù)企業(yè)名單，報領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室備案。
五、認定報備
認定機構(gòu)結(jié)合專家組評審意見，對申請企業(yè)申報材料進行綜合審查(可視情況對部分企業(yè)進行實地核查)，提出認定意見，確定認定高新技術(shù)企業(yè)名單，報領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室備案，報送時間不得晚于每年11月底。
六、公示公告
經(jīng)認定報備的企業(yè)名單，由領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”公示10個工作日。無異議的，予以備案，認定時間以公示時間為準，核發(fā)證書編號，并在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告企業(yè)名單，由認定機構(gòu)向企業(yè)頒發(fā)統(tǒng)一印制的“高新技術(shù)企業(yè)證書”(加蓋認定機構(gòu)科技、財政、稅務(wù)部門公章);有異議的，須以書面形式實名向領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室提出，由認定機構(gòu)核實處理。
領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室對報備企業(yè)可進行隨機抽查，對存在問題的企業(yè)交由認定機構(gòu)核實情況并提出處理建議。