先后獲國家科技進步二等獎2項、省部級一等獎4項、何梁何利科學技術與進步獎，談家楨生命科學臨床醫(yī)學獎，轉化醫(yī)學杰出貢獻獎，吳階平醫(yī)藥創(chuàng)新獎，中國工程院光華工程科技獎。北京大學人民醫(yī)院血液科黃曉軍加急住院掛號

造血干細胞移植是白血病的有效方式,供者來源缺乏是一世界性難題，北京大學人民醫(yī)院黃曉軍團隊在自創(chuàng)的粒細胞集落刺激因子誘導免疫耐受的基礎上，對單倍體移植技術的多個方面進行了創(chuàng)新與改進，形成國際公認的原創(chuàng)非體外去T單倍體造血干細胞移植體系——“北京方案”；“北京方案”白血病取得與同胞全合一致的療效。２０１６年，該方案被世界骨髓移植協(xié)會推薦作為全球缺乏全相合供體的移植可靠方案；該方案還被寫入國際骨髓移植教材，并被美國、英國等國骨髓移植相關指南引用。

“北京方案”改變了全球造血干細胞移植的格局，近3年已成為我國來源類型的移植方式，也促進了歐美單倍體移植的快速發(fā)展，使造血干細胞移植進入“人人都有供者”的新時代. 主要貢獻如下： （1） 發(fā)展完善了國際原創(chuàng)的單倍體移植體系：突破免疫屏障，使造血干細胞移植這種白血病方法不再限于“配型相合”，“父母供子女，子女供父母”等“單倍體移植”模式取得與全合移植相同療效。此體系的發(fā)展與應用成功解決了“供者匱乏”這一困擾全世界的關鍵臨床問題，迎來了“人人都有移植供者”新時代。 （2）移植合并癥防治：建立了以分層乃至個體化為特色的移植后白血病復發(fā)及移植物抗宿主病新型防治體系，臨床上實現(xiàn)了抗白血病效應和移植物抗宿主作用分離，提高了患者生存。 （3）白血病分層與靶向：國際上首次證實口服砷劑可替代靜脈砷劑急性早幼粒細胞白血?。ˋPL），在此基礎上證實非高危APL患者口服砷劑聯(lián)合維甲酸即可獲長期生存，首次實現(xiàn)了不輸液、不化

2007年擔任國家杰出青年科學基金項目負責人，創(chuàng)新團隊帶頭人。負責承擔國家自然科學基金國家“863”基金、“985”基金、北京大學211基金、衛(wèi)生部基金、教育部博士點和“新世紀人才”等多項基金。發(fā)表論文100多篇，綜述10多篇，專著10部。1996年被評為碩士研究生導師，1999年獲北京市醫(yī)務工作者，2003年獲北京市五、四青年稱號，被評為博士生導師。2005年被評為教育部“新世紀人才”。在2006年獲中華醫(yī)學科技獎二等獎，2008年衛(wèi)生部吳楊獎獲得者，2008年中國醫(yī)師獎獲得者。