北京兒童醫(yī)院先后獲得“全國(guó)文明單位”“首都文明單位標(biāo)兵”“首都文明服務(wù)示范窗口”“?？漆t(yī)院”“雙十佳人民滿意醫(yī)院”“北京三甲醫(yī)院”榮譽(yù)稱號(hào)及“首都勞動(dòng)獎(jiǎng)狀”“全國(guó)五一勞動(dòng)獎(jiǎng)狀”。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專業(yè)組，是國(guó)內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國(guó)北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個(gè)病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個(gè)病區(qū)共20間百級(jí)移植倉(cāng)，6間千級(jí)移植倉(cāng)，2個(gè)干細(xì)胞采集室，1個(gè)干細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室，每年進(jìn)行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國(guó)北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團(tuán)隊(duì)分別長(zhǎng)駐北京和保定同時(shí)開展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

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北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗(yàn)光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時(shí)為北京市殘聯(lián)指定殘疾評(píng)估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。