醫(yī)院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫(yī)科大學兒科醫(yī)學院和兒科學系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護理大專及繼續(xù)醫(yī)學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

腫瘤內(nèi)科科室包括兒童實體腫瘤、兒童淋巴瘤兩個專業(yè)，住院部設置在北京兒童醫(yī)院順義院區(qū)，擁有兩個病區(qū)，分別收治兒童實體瘤、淋巴瘤病人。腫瘤內(nèi)科在北京兒童醫(yī)院西城院區(qū)、順義院區(qū)，均設置有專業(yè)門診，均由專業(yè)醫(yī)生團隊出診，患者可根據(jù)需求選擇不同院區(qū)就診。

目前科室開展異基因造血干細胞移植和自體造血干細胞移植，異基因造血干細胞移植包括HLA配型全相合移植和半相合(單倍體)移植，干細胞來源包括骨髓、外周血、臍帶血。目前造血干細胞移植千余例，其中2/3為單倍體造血干細胞移植。病種包括白血病、淋巴瘤、神經(jīng)母細胞瘤、再生障礙性貧血、噬血細胞綜合征、慢性EB病毒感染等兒童血液腫瘤疾病，也包括石骨癥、腦白質(zhì)營養(yǎng)不良、免疫缺陷病等先天遺傳代謝性疾病。依托于國家兒童醫(yī)學中心多學科技術支持，對難治/復查白血病及腫瘤疾病、先天遺傳代謝病、免疫相關疾病、小年齡組患兒以及復雜重癥病例的移植經(jīng)驗豐富，現(xiàn)為國內(nèi)的石骨癥的移植中心，同時在噬血細胞綜合征及慢性活動性EB病毒感染及相關疾病的也處于國際水平。結合兒科病人的特點，相對于其他移植中心，更注重了對移植前后病人的生存質(zhì)量、營養(yǎng)管理、生長發(fā)育的監(jiān)測及干預。設有由專業(yè)醫(yī)護、心理及醫(yī)務社工團隊組成的舒緩小組，對患兒進行疼痛癥狀管理，患兒及家長的心理疏導，進一步提高患兒的生存質(zhì)量。

目前眼科設有斜弱視、神經(jīng)眼科、角膜病、眼整形、淚道病、青光眼、白內(nèi)障、眼底病、眼腫瘤等專業(yè)。北京兒童醫(yī)院及托管醫(yī)院眼科共有病床49張，年均手術量5700余例，其中內(nèi)眼手術約1300例，每年接診來自全國各地的眼病患兒約27.8萬人次。在小兒斜弱視、近視、淚道疾病、眼整形、兒童角膜移植、眼腫瘤、眼底病篩查及、視神經(jīng)疾病、遺傳性眼病、青光眼白內(nèi)障診治、微創(chuàng)玻璃體切割手術及角膜塑形鏡、兒童RGP鏡片及特種眼鏡驗配等方面積累了豐富的經(jīng)驗。