醫(yī)院技術(shù)力量雄厚。擁有重點(diǎn)學(xué)科兒科學(xué)，國(guó)家兒童腫瘤監(jiān)測(cè)中心、國(guó)家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、國(guó)家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點(diǎn)單位等12個(gè)平臺(tái)，8個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)?？疲?個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2個(gè)北京市級(jí)研究平臺(tái)以及16個(gè)市級(jí)醫(yī)療中心。醫(yī)院設(shè)有疑難罕見病例會(huì)診中心和遠(yuǎn)程會(huì)診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國(guó)內(nèi)地位，是中華醫(yī)學(xué)會(huì)兒科學(xué)分會(huì)、兒外科分會(huì)，中國(guó)醫(yī)師協(xié)會(huì)小兒外科醫(yī)師分會(huì)，中華護(hù)理學(xué)會(huì)兒科專業(yè)委員會(huì)主任委員單位。

北京兒童醫(yī)院共有在職職工3210人，其中醫(yī)生968人，護(hù)士1325人，醫(yī)技462人。正高級(jí)職稱292人，副高級(jí)職稱380人，中級(jí)職稱692人。醫(yī)院擁有中國(guó)現(xiàn)代兒科學(xué)奠基人諸福棠、中國(guó)兒童血液腫瘤學(xué)開創(chuàng)者胡亞美、中國(guó)小兒外科創(chuàng)始人之一張金哲等國(guó)內(nèi)兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻(xiàn)專家、享受政府特殊津貼人員、新世紀(jì)百千萬人才工程人選、國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者等眾多高層次人才。

目前科室開展異基因造血干細(xì)胞移植和自體造血干細(xì)胞移植，異基因造血干細(xì)胞移植包括HLA配型全相合移植和半相合(單倍體)移植，干細(xì)胞來源包括骨髓、外周血、臍帶血。目前造血干細(xì)胞移植千余例，其中2/3為單倍體造血干細(xì)胞移植。病種包括白血病、淋巴瘤、神經(jīng)母細(xì)胞瘤、再生障礙性貧血、噬血細(xì)胞綜合征、慢性EB病毒感染等兒童血液腫瘤疾病，也包括石骨癥、腦白質(zhì)營(yíng)養(yǎng)不良、免疫缺陷病等先天遺傳代謝性疾病。依托于國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心多學(xué)科技術(shù)支持，對(duì)難治/復(fù)查白血病及腫瘤疾病、先天遺傳代謝病、免疫相關(guān)疾病、小年齡組患兒以及復(fù)雜重癥病例的移植經(jīng)驗(yàn)豐富，現(xiàn)為國(guó)內(nèi)的石骨癥的移植中心，同時(shí)在噬血細(xì)胞綜合征及慢性活動(dòng)性EB病毒感染及相關(guān)疾病的也處于國(guó)際水平。結(jié)合兒科病人的特點(diǎn)，相對(duì)于其他移植中心，更注重了對(duì)移植前后病人的生存質(zhì)量、營(yíng)養(yǎng)管理、生長(zhǎng)發(fā)育的監(jiān)測(cè)及干預(yù)。設(shè)有由專業(yè)醫(yī)護(hù)、心理及醫(yī)務(wù)社工團(tuán)隊(duì)組成的舒緩小組，對(duì)患兒進(jìn)行疼痛癥狀管理，患兒及家長(zhǎng)的心理疏導(dǎo)，進(jìn)一步提高患兒的生存質(zhì)量。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗(yàn)光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時(shí)為北京市殘聯(lián)指定殘疾評(píng)估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。