北京301醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發(fā)明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫(yī)院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內、國際公開發(fā)表的論文總數和國內論文被引用次數連續(xù)4年居全國醫(yī)院之首。

令狐恩強從事消化病及消化內鏡研究、臨床、教學及保健工作，緊貼臨床一線進行技術與理論創(chuàng)新。他提出的疾病分類、分型，被多個學會采納寫入指南。他定名和完善的消化內鏡隧道技術，打破了傳統(tǒng)內科和外科的界限，將一些原本由外科手術治 療的疾病轉為內窺鏡下，且創(chuàng)傷極小、術后恢復快、費用低、療效顯著；他在消化管道深部臟器損傷治 療方面處于世界領 先水平。

令狐恩強是一位患者可以生死相托的臨床好醫(yī)生，他的愛心里有著對患者感同身受的體貼，似乎有著當一名臨床好醫(yī)生的先天條件，他也是一位臨床研究成果頗豐的醫(yī)生。

令狐恩強指出，近幾年，隨著消化內鏡技術的快速發(fā)展，我國已從微創(chuàng)外科到超級微創(chuàng)外科的過渡。現在廣義上的微創(chuàng)手術指的是微小創(chuàng)口的外科手術。然而微創(chuàng)發(fā)展到今天，它的概念已經改變：相對于開腹、開胸而言，微創(chuàng)是用腹腔鏡、胸腔鏡等內鏡對患者病變部位進行切除，但是其切除的范圍仍然很大。然而隨著消化內鏡技術的發(fā)展，我們現在強調：在保留組織解剖結構完整和保證器官功能的基礎和前提下，可能性地切除病變部位，從而達到患者的目的。這我們稱之為“超級微創(chuàng)”，這也是未來醫(yī)學的發(fā)展趨勢。