北京301醫(yī)院擁有5位中國工程院院士，1百多名技術(shù)三級以上專家，1千多名高職專業(yè)技術(shù)人員。醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進(jìn)步一等獎7項，二等獎20項，國家發(fā)明獎2項，軍隊科技進(jìn)步一等獎21項。

北京301醫(yī)院先后被評為“國際模范愛嬰醫(yī)院”、“全國百佳醫(yī)院”、“全國百姓放心醫(yī)院”、“全國百姓放心示范醫(yī)院”、“全軍為部隊服務(wù)先進(jìn)醫(yī)院”，榮獲全國衛(wèi)生系統(tǒng)“文化建設(shè)創(chuàng)新獎”、國家衛(wèi)生部授予“醫(yī)院改革創(chuàng)新獎”。

令狐恩強率先定名完善消化內(nèi)鏡隧道技術(shù)，模糊了消化內(nèi)外科的界限，替代了一批傳統(tǒng)外科手術(shù)；率先提出基于保持人體解剖結(jié)構(gòu)不變條件下，達(dá)到祛除疾病目的的超級微創(chuàng)手術(shù)新概念，替代長期存在以切除器官為代價的手術(shù)模式，為未來手術(shù)方法學(xué)與器械研發(fā)指明了方向。

令狐恩強說，在2010年前后，我國提出消化內(nèi)鏡診治新模式的概念，來踐行早診早治的理念。一方面是把檢查切入點從有癥狀期提前到無癥狀期，另一方面則是形成以消化內(nèi)鏡治 療為主，外科手術(shù)切除為輔，放化療為補充的一套全新的治 療概念。該理念保證了患者能在早期就能被發(fā)現(xiàn)，并進(jìn)行有效的內(nèi)鏡下治 療，具有良好的社會意義和經(jīng)濟效益。