北京301醫(yī)院與100多個國家和地區(qū)的醫(yī)學院校、醫(yī)療科研單位開展了廣泛的學術(shù)交流和技術(shù)合作，每年有700多名技術(shù)人員出國進修和技術(shù)合作，有400多名國外專家來院訪問、講學。先后聘請了150余名國外學者擔任名譽教授和技術(shù)顧問。

北京301醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發(fā)明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫(yī)院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內(nèi)、國際公開發(fā)表的論文總數(shù)和國內(nèi)論文被引用次數(shù)連續(xù)4年居全國醫(yī)院之首。

令狐恩強率先定名完善消化內(nèi)鏡隧道技術(shù)，模糊了消化內(nèi)外科的界限，替代了一批傳統(tǒng)外科手術(shù)；率先提出基于保持人體解剖結(jié)構(gòu)不變條件下，達到祛除疾病目的的超級微創(chuàng)手術(shù)新概念，替代長期存在以切除器官為代價的手術(shù)模式，為未來手術(shù)方法學與器械研發(fā)指明了方向。

令狐恩強指出，近幾年，隨著消化內(nèi)鏡技術(shù)的快速發(fā)展，我國已從微創(chuàng)外科到超級微創(chuàng)外科的過渡?，F(xiàn)在廣義上的微創(chuàng)手術(shù)指的是微小創(chuàng)口的外科手術(shù)。然而微創(chuàng)發(fā)展到今天，它的概念已經(jīng)改變：相對于開腹、開胸而言，微創(chuàng)是用腹腔鏡、胸腔鏡等內(nèi)鏡對患者病變部位進行切除，但是其切除的范圍仍然很大。然而隨著消化內(nèi)鏡技術(shù)的發(fā)展，我們現(xiàn)在強調(diào)：在保留組織解剖結(jié)構(gòu)完整和保證器官功能的基礎(chǔ)和前提下，可能性地切除病變部位，從而達到患者的目的。這我們稱之為“超級微創(chuàng)”，這也是未來醫(yī)學的發(fā)展趨勢。