1996年，茅臺酒工藝被確定為國家機密加以保護。2001年，茅臺酒傳統(tǒng)工藝列入首批物質(zhì)文化遺產(chǎn)。2006年，批準(zhǔn)將“茅臺酒傳統(tǒng)釀造工藝”列入首批非物質(zhì)文化遺產(chǎn)名錄，并申報世界非物質(zhì)文化遺產(chǎn)。2001年3月29日，茅臺酒被批準(zhǔn)為“原產(chǎn)地域保護產(chǎn)品”。2013年3月28日，原國家質(zhì)檢總局批準(zhǔn)調(diào)整“茅臺酒”地理標(biāo)志產(chǎn)品保護名稱和保護范圍。

茅臺酒的酒窖建設(shè)也頗有講究。從窖址選地、窖區(qū)走向、空間高度，到窖內(nèi)溫濕度控制、透氣性能，以及酒甕的形式、容量、甕口泥封的技術(shù)等，都極為嚴(yán)格。這些都是關(guān)系到成品酒的再熟化、香氣純度再提高的關(guān)鍵。酒窖里每天要有人檢查，開關(guān)透氣孔，控制溫濕度。

茅臺酒工藝中的三高是指茅臺酒生產(chǎn)工藝的高溫制曲、高溫堆積發(fā)酵、高溫餾酒。茅臺酒大曲在發(fā)酵過程中溫度高達63℃，比其它任何名白酒的制曲發(fā)酵溫度都高10－15℃；在整個大曲發(fā)酵過程中可優(yōu)選環(huán)境微生物種類，后形成以耐高溫產(chǎn)香的微生物體系，在制曲過程中首先做到了趨利避害之功效。高溫堆積發(fā)酵是中國白酒生產(chǎn)敞開式發(fā)酵為經(jīng)典和獨創(chuàng)之作，也是其它名白酒工藝所不具有的。高溫餾酒：蒸餾工藝本身是固液分離的技術(shù)，但茅臺酒生產(chǎn)工藝的蒸餾與其它白酒完全不同。

釀制茅臺酒的用水主要是赤水河的水，赤水河水質(zhì)好，用這種入口微甜、無溶解雜質(zhì)的水經(jīng)過蒸餾釀出的酒特別甘美。故清代詩人曾有“集靈泉于一身，匯秀水東下”的詠句贊美赤水河。茅臺鎮(zhèn)還具有極特殊的自然環(huán)境和氣候條件。它位于貴州高原點的盆地，海拔僅440米，遠(yuǎn)離高原氣流，終日云霧密集。夏日持續(xù)35—39℃的高溫期長達5個月，一年有大半時間籠罩在悶熱、潮濕的雨霧之中。這種特殊氣候、水質(zhì)、土壤條件，對于酒料的發(fā)酵、熟化非常有利，同時也部分地對茅臺酒中香氣成分的微生物產(chǎn)生、精化、增減起了決定性的作用。可以說，如果離開這里的特殊氣候條件，酒中的有些香氣成分就根本無法產(chǎn)生，酒的味道也就欠缺了。