無菌室也稱接種室，是系統(tǒng)接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環(huán)境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。

無菌實驗室設(shè)計的各項建筑物應(yīng)堅固耐用、易于維修、易于清潔，并有能防止食品、食品接觸面及內(nèi)包裝材料遭受污染(如有害動物的侵入、棲息、繁殖等)的結(jié)構(gòu)。

為防止交叉污染，應(yīng)分別設(shè)置人員通道及物料運輸通道，人員通道應(yīng)按潔凈室通道要求嚴(yán)格執(zhí)行，各通道應(yīng)裝有空氣幕(即風(fēng)幕)或雙向彈簧門及電子滅蠅(蚊)器等防蟲設(shè)施。

由于潔凈實驗室-生物實驗室內(nèi)操作對象是危險性的微生物，對人體、動植物或環(huán)境具有危害，必須通過采用合理的空氣調(diào)節(jié)系統(tǒng)，保持潔凈實驗室-生物實驗室的相對負(fù)壓環(huán)境無論何時都不被破壞，以保證實驗室內(nèi)危險性微生物不能向外部環(huán)境中擴散。

由于潔凈實驗室-生物實驗室的實驗對象是危險性的微生物，出于嚴(yán)格控制污染的原則，它要求以少的維護人員，運用化的管理維護手段，來實時監(jiān)控每一個實驗室中設(shè)備所處的物理環(huán)境，保證實驗室運行過程中始終處于相對負(fù)壓環(huán)境，防止危險性微生物外泄。