在獲得了無(wú)菌環(huán)境和無(wú)菌材料后，還要保持無(wú)菌狀態(tài)，才能對(duì)某種特定的已知微生物進(jìn)行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現(xiàn)象，在微生物學(xué)中叫做污染雜菌。防止污染是微生物學(xué)工作中十分關(guān)鍵的技術(shù)。一方面是徹底，另一方面防止污染，是無(wú)菌技術(shù)的兩個(gè)方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經(jīng)過(guò)基因工程改造了的本來(lái)自然界不存在的微生物從實(shí)驗(yàn)容器中逃逸到外界環(huán)境中去。為了這些目的，在微生物學(xué)中，有許多措施。

一般微生物檢測(cè)按照實(shí)驗(yàn)室行業(yè)要求都需要在無(wú)菌室中進(jìn)行，很多食品菌、微生物等都是在超凈工作臺(tái)中完成檢測(cè)和化驗(yàn)的。

隨著社會(huì)科技發(fā)展，國(guó)家越來(lái)越重視食品問(wèn)題，無(wú)菌室空氣凈化工程也在不斷的普及。有了無(wú)菌室凈化工程，將超凈工作臺(tái)放置于無(wú)菌室內(nèi)操作，使實(shí)驗(yàn)環(huán)境更加潔凈，實(shí)驗(yàn)樣品不易于被污染。

無(wú)菌室外源性污染源，主要是通過(guò)門(mén)和無(wú)菌室內(nèi)外通道侵入的室外空氣。因此無(wú)菌室的布置通常都采用按照工藝操作的關(guān)鍵程度，潔凈度的高低由里往外逐級(jí)減弱，抵御室外污染空氣的侵入。同時(shí)為物料和人員進(jìn)出無(wú)菌室設(shè)置相應(yīng)的控制措施，例如物料的氣閘、人員的無(wú)菌更衣系統(tǒng)以及室內(nèi)廢棄物傳遞出來(lái)的通道等。無(wú)菌室內(nèi)的污染源，主要來(lái)自于無(wú)菌室內(nèi)必要的操作人員和部分工藝設(shè)備，通常無(wú)菌室內(nèi)操作人員的四周區(qū)域是潔凈度差的區(qū)域，也是無(wú)菌技術(shù)中重要的控制內(nèi)容。

無(wú)菌室內(nèi)天花板應(yīng)與風(fēng)管、管道、燈具、風(fēng)口等的安裝脫開(kāi)，光滑、無(wú)裂縫，易于清洗。無(wú)菌室的門(mén)窗材料應(yīng)選擇耐受性好、自然變形小、制造誤差小、容易控制縫隙、氣密性好的材料，采用雙層中空玻璃結(jié)構(gòu)的雙層窗，既節(jié)約空間、又節(jié)約能源，還可以避免玻璃窗結(jié)露引起霉變，造成污染；窗盡量采用大玻璃，這樣可減少積灰點(diǎn)，又有利于清潔工作。