保健酒在凈化處理工藝過(guò)程中，要比其他酒類要復(fù)雜得多，難度更大，更繁瑣。各企業(yè)由于品種的不同，藥材配伍的差異，在保健酒的處理工藝上也有不同的處理方法。

保健酒或藥酒的有效成份有生物堿類、甙類、黃酮類、萜類、甾醇類、皂甙類、氨基酸、維生素等等，以及白酒中各種香味物質(zhì)。保健酒或藥酒，是靠?jī)煞N不同性的溶劑來(lái)溶解有效成份的。一種是性微弱的乙醇。另一種是性較強(qiáng)的水。無(wú)效成份主要有鞣質(zhì)、蠟質(zhì)、脂肪、膠體、淀粉、纖維素等等，以及白酒中高級(jí)脂肪酸乙酯。無(wú)效成份不僅影響酒的穩(wěn)定性、保質(zhì)期、酒體的純凈，而且還會(huì)影響酒的色澤、口感、香味。無(wú)效成份在酒液中呈現(xiàn)顆粒狀、微粒狀和大分子狀。

常規(guī)的過(guò)濾設(shè)備，如硅藻土過(guò)濾機(jī)、微孔膜精濾機(jī)、可以將顆粒狀，微粒狀的物質(zhì)除去，而肉眼看不到的大分子物質(zhì)很難除去，因此，酒質(zhì)不穩(wěn)定，保質(zhì)期短、口感差，易發(fā)生渾濁、沉淀，特別是低度的保健酒和藥酒。由于酒精度低，醇溶性的物質(zhì)溶解度相對(duì)降低。如生物堿類、甾醇、高級(jí)脂肪酸乙酯等。就會(huì)產(chǎn)生大分子物質(zhì)，同時(shí)也使水溶性物質(zhì)增加，如：多糖、淀粉、果膠等大分子物質(zhì)、溶解于酒液中，常規(guī)的過(guò)濾設(shè)備很難除去這些大分子的物質(zhì)，在外界條件的誘導(dǎo)下，如低溫、貨架期、大分子物質(zhì)之間相互吸附，形成微粒，產(chǎn)生沉淀。

保健酒或藥酒在凈化后處理上，要比其它類的酒，要復(fù)雜，難度更大。當(dāng)前只有冷凍法和超濾法有效。冷凍法是將酒液置于低溫下，如-10℃存放48小時(shí)。酒液中大分子物質(zhì)在低溫下溶解度降低，相互之間絮凝，形成微粒，并在低溫下，通過(guò)常規(guī)的過(guò)濾機(jī)，就可以將它們除去。冷凍后的酒質(zhì)、貨架期、保質(zhì)期，不會(huì)再發(fā)生渾濁沉淀。

超濾法是在常溫下，酒液通過(guò)膜，將大分子微粒等物質(zhì)一次性切割分離出來(lái)，大分子除去率在99.9%以上。濾后的酒體清澈透明，有光澤，濁度為零。貨架期、或保質(zhì)期不會(huì)再發(fā)生渾濁沉淀。本超濾機(jī)是動(dòng)態(tài)，錯(cuò)流膜過(guò)濾。進(jìn)入超濾機(jī)的酒液瞬間形成渦流、對(duì)流，使酒液中各種物質(zhì)得到充分混合。然后通過(guò)納米級(jí)的微孔，強(qiáng)制分子間進(jìn)行締合，例如，乙醇分子和水分子締合，還會(huì)使酒液中醇、酸生成酯等作用。因此，超濾出來(lái)的酒，口感柔和，味道純正、無(wú)水味、無(wú)雜味。有效成份不會(huì)減少。酒的綜合品質(zhì)有很大的提高。

保健酒或藥酒出現(xiàn)保質(zhì)期短，質(zhì)量不穩(wěn)定，適口性差，其主要原因是后處理凈化的方法有不妥的地方。例如，使用吸附法和加入澄清劑絮凝法，會(huì)有一定的局限性，掌握不好就無(wú)法徹底解決渾濁沉淀問(wèn)題，甚至還會(huì)使中的有效成分發(fā)生生物化變化，降低有效成份。