無菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實驗室內(nèi)，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設(shè)一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內(nèi)裝備的換氣設(shè)備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，只有保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進行研究。

無菌室應(yīng)定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。

需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應(yīng)包扎嚴密，并應(yīng)經(jīng)過適宜的方法。

工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。

無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應(yīng)及時清理無菌室，再用紫外燈輻照30分鐘。

供試品在檢查前，應(yīng)保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用75%的酒精棉球外表面。

每次操作過程中，均應(yīng)做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。

當前無菌室多存在于微生物工廠，一般實驗室則使用超凈臺。超凈臺其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺面上部包括微生物在內(nèi)的各種微小塵埃。通過電動裝置使空氣通過過濾器具后進入工作臺面，使臺面始終保持在流動無菌空氣控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流動的氣簾防止外部帶菌空氣進入。