無菌室外要設(shè)一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內(nèi)裝備的換氣設(shè)備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，只有保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進行研究。

不論外在之空氣條件如何變化，其室內(nèi)均能俱有維持原先所設(shè)定要求之潔凈度、溫濕度及壓力等性能之特性。無塵車間主要之作用在于控制產(chǎn)品(如硅芯片等)所接觸之大氣的潔凈度日及溫濕度，使產(chǎn)品能在一個良好之環(huán)境空間中生產(chǎn)、制造，此空間我們稱之為無塵車間。

無塵無菌車間內(nèi)空氣的流動有兩種情況：一種是層流的(即室內(nèi)一切懸浮粒子都保持在層流層中運動);另一種是非層流的(即室內(nèi)空氣的流動是紊流的)。裝有一般空調(diào)系統(tǒng)的潔凈室，室內(nèi)空氣的流動屬于非層流(紊流)，既可使空氣中夾帶的混懸粒子迅速混合，也可使室內(nèi)靜止的微粒重新飛揚，部分空氣還可出現(xiàn)停滯狀態(tài)。

一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術(shù)的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經(jīng)過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環(huán)境中去。為了這些目的，在微生物學(xué)中，有許多措施。