另外一種是夾套冷藏集裝箱，這種冷藏集裝箱的特點是沿著箱壁有一個供冷空氣循環(huán)的通道——夾套。這種冷藏集裝箱的優(yōu)點是貨物的裝載不影響空氣的循環(huán)，因而不影響溫度的分布；其次，夾套空間的全部容積都用于裝載貨物，這一點對裝運低密度的貨物是非常有利的。這種集裝箱不能裝有呼吸的貨物，一般用來裝運凍結(jié)貨物。

氣調(diào)冷藏集裝箱具有一般機械式冷藏集裝箱的所有制冷功能，同時裝有一種氣調(diào)設(shè)備，可以調(diào)節(jié)和控制箱體內(nèi)的空氣成分，以減弱新鮮果蔬的呼吸強度，從而減緩果蔬的成熟進度，達到保鮮的目的。

氣調(diào)保鮮的關(guān)鍵是調(diào)節(jié)和控制貨物儲存環(huán)境中的各種氣體的含量。常見的是用充氮降氧方法來降低環(huán)境中的氧氣含量，控制乙烯含量，減緩果蔬成熟。氣調(diào)冷藏集裝箱的氣密性要求較高，一般要求漏氣率不超過2m3/h。

采用氣調(diào)冷藏集裝箱運輸具有保鮮效果好、儲藏損失少、保鮮期長和對果蔬無任何污染的優(yōu)點。但由于采用氣調(diào)設(shè)備后，技術(shù)要求高，冷藏集裝箱價格高，因此使用還不普遍。

隔熱集裝箱在20世紀70年代前曾經(jīng)是國際上冷藏保鮮貨物的主要運輸工具之一，隨著20世紀80年代之后機械式冷藏集裝箱的大量使用，隔熱集裝箱已逐步被更為靈活的機械式冷藏集裝箱所取代，但在某些具有穩(wěn)定貨源的航線上仍有使用。

冷藏集裝箱運送凍結(jié)貨時通常使用溫度應(yīng)不高于-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會大大減慢，有時達到設(shè)定溫度要求需要15-16h。若進貨溫度較高，則達到設(shè)定溫度需要2-3d。