根據(jù)《企業(yè)所得稅暫行條例》及其實施細則，《中華人民共和國稅收征收管理法》及《國家稅務總局企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》等法律的規(guī)定，企業(yè)所得稅的匯算清繳應按以下程序進行：

（一）匯算清繳期限企業(yè)繳納所得稅，按年計算，分月或者分季預繳

納稅人應當在月份或者季度終了后十五日內(nèi)，向其所在地主管稅務機關(guān)報送會計報表、預繳所得稅申報表和納稅人發(fā)生的應由稅務機關(guān)審批或備案的有關(guān)稅務事項；年度終了后四十五日內(nèi)，向其所在地主管稅務機關(guān)報送會計決算報表和所得稅申報表，在年度終了后五個月內(nèi)結(jié)清應補繳的稅款。預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關(guān)予以及時辦理退稅，或者抵繳下一年度應繳納的稅款。

應注意的是：

1、實行按月或按季預繳所得稅的納稅人，其納稅年度后一個預繳期的稅款應于年度終了后15日內(nèi)申報和預繳，不得推延至匯算清繳時一并繳納。

2、若納稅人已按規(guī)定預繳稅款，因特殊原因不能在規(guī)定期限辦理年度企業(yè)所得稅申報的，則應在申報期限內(nèi)提出書面延期申請，經(jīng)主管稅務機關(guān)核準后，在核準的期限內(nèi)辦理。

3、若納稅人因不可抗力而不能按期辦理納稅申報的，可以延期辦理；但是，應當在不可抗力情形消除后立即向主管稅務機關(guān)報告。主管稅務機關(guān)經(jīng)查明事實后，予以核準。

4、納稅人在納稅年度中間破產(chǎn)或終止生產(chǎn)經(jīng)營活動的，應自停止生產(chǎn)經(jīng)營活動之日起30日內(nèi)向主管稅務機關(guān)辦理企業(yè)所得稅申報，60日內(nèi)辦理企業(yè)所得稅匯算清繳，并依法計算清算期間的企業(yè)所得稅，結(jié)清應繳稅款。

5、納稅人在納稅年度中間發(fā)生合并、分立的，依據(jù)稅收法規(guī)的規(guī)定合并、分立后其納稅人地位發(fā)生變化的，應在辦理變更稅務登記之前辦理企業(yè)所得稅申報，及時進行匯算清繳，并結(jié)清稅款；其納稅人的地位不變的，納稅年度可以連續(xù)計算。

（二）匯算清繳程序

1、填寫納稅申報表并附送相關(guān)材料

納稅人于年度終了后四個月內(nèi)以財務報表為基礎(chǔ)，自行進行稅收納稅調(diào)整并填寫年度納稅申報表及其附表〔包括銷售（營業(yè)）收入及其他收入明細表、成本費用明細表、投資所得（損失）明細表、納稅調(diào)整增加項目明細表、納稅調(diào)整減少項目明細表、稅前彌補虧損明細表、免稅所得及減免稅明細表、捐贈支出明細表、技術(shù)開發(fā)費加計扣除明細表、境外所得稅抵扣計算明細表廣告費支出明細表、工資薪金和工會經(jīng)費等三項經(jīng)費明細表資產(chǎn)折舊、攤銷明細表、壞賬損失明細表、事業(yè)單位、社會團體、民辦非企業(yè)單位收入項目明細表、事業(yè)單位、社會團體、民辦非企業(yè)單位支出項目明細表〕，向主管稅務機關(guān)辦理年度納稅申報。納稅人除提供上述所得稅申報及其附表外，并應當附送以下相關(guān)資料：

（1）財務、會計年度決算報表及其說明材料。包括資產(chǎn)負債表、損益表、現(xiàn)金流量表等有關(guān)財務資料；

（2）與納稅有關(guān)的合同、協(xié)議書及憑證；

（3）外出經(jīng)營活動稅收管理證明和異地完稅憑證；

（4）境內(nèi)或者境外公證機構(gòu)出具的有關(guān)證明文件；

（5）納稅人發(fā)生的應由稅務機關(guān)審批或備案事項的相關(guān)資料；

（6）主管稅務機關(guān)要求報送的其他有關(guān)證件、資料。

2、稅務機關(guān)受理申請，并審核所報送材料

（1）主管稅務機關(guān)接到納稅人或扣繳義務人報送的納稅申報表或代扣代繳、代收代繳稅款報告表后，經(jīng)審核其名稱、電話、地址、銀行賬號等基本資料后，若發(fā)現(xiàn)應由主管稅務機關(guān)管理的內(nèi)容有變化的，將要求納稅人提供變更依據(jù)；如變更內(nèi)容屬其他部門管理范圍的，則將敦促納稅人到相關(guān)部門辦理變更手續(xù)，并將變更依據(jù)復印件移交主管稅務機關(guān)。

（2）主管稅務機關(guān)對申報內(nèi)容進行審核，主要審核稅目、稅率和計稅依據(jù)填寫是否完整、正確，稅額計算是否準確，附送資料是否齊全、是否符合邏輯關(guān)系、是否進行納稅調(diào)整等。審核中如發(fā)現(xiàn)納稅人的申報有計算錯誤或有漏項，將及時通知納稅人進行調(diào)整、補充、修改或限期重新申報。納稅人應按稅務機關(guān)的通知作出相應的修正。

（3）主管稅務機關(guān)經(jīng)審核確認無誤后，確定企業(yè)當年度應納所得稅額及應當補繳的企業(yè)所得稅款，或者對多繳的企業(yè)所得稅款加以退還或抵頂下年度企業(yè)所得稅。

3、主動糾正申報錯誤

納稅人于年度終了后四個月內(nèi)辦理了年度納稅申報后，如果發(fā)現(xiàn)申報出現(xiàn)了錯誤，根據(jù)《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》等法律的相關(guān)規(guī)定：納稅人辦理年度所得稅申報后，在匯繳期內(nèi)稅務機關(guān)檢查之前自行檢查發(fā)現(xiàn)申報不實的，可以填報《企業(yè)所得稅年度納稅申報表》向稅務機關(guān)主動申報糾正錯誤，稅務機關(guān)據(jù)此調(diào)整其全年應納所得稅額及應補、應退稅額。

4、結(jié)清稅款

納稅人根據(jù)主管稅務機關(guān)確定的全年應納所得稅額及應補、應退稅額，年度終了后4個月內(nèi)清繳稅款。納稅人預繳的稅款少于全年應繳稅款的，在4月底以前將應補繳的稅款繳入國庫；預繳稅款超過全年應繳稅款的，辦理抵頂或退稅手續(xù)。

5、辦理延期繳納稅款申請

根據(jù)《中華人民共和國稅收征收管理法》及其《實施細則》的相關(guān)規(guī)定，納稅人因有下列特殊困難：

（1）水、火、風、雷、海潮、地震等人力不可抗拒的自然災害，或者可供納稅的現(xiàn)金、支票以及其他財產(chǎn)等遭遇偷盜、搶劫等意外事故，導致納稅人發(fā)生較大損失，正常生產(chǎn)經(jīng)營活動受到較大影響的。納稅人應提供災情報告或者公安機關(guān)出具的事故證明；

（2）因國家調(diào)整經(jīng)濟政策的直接影響，或者短期貨款拖欠，當期貨幣資金在扣除應付職工工資、社會保險費后，不足以繳納稅款的。納稅人應提供有關(guān)政策調(diào)整的依據(jù)或提供貨款拖欠情況證明和貨款拖欠方不能按期付款的證明材料。

從而不能按期繳納稅款的，納稅人應當在繳納稅款期限屆滿前（一般各地主管稅務機關(guān)均規(guī)定應當在期限屆滿前15日內(nèi)提出，具體請參見各地稅務局的規(guī)定）向主管稅務機關(guān)提出申請，并報送下列材料：申請延期繳納稅款報告、當期貨幣資金余額情況及所有銀行存款賬戶的對賬單、資產(chǎn)負債表、應付職工工資和社會保險費等稅務機關(guān)要求提供的支出預算等。經(jīng)省、自治區(qū)、直轄市國家稅務局、地方稅務局，或者計劃單列市國家稅務局、地方稅務局批準，可以延期繳納稅款，但長不得超過三個月。

稅務機關(guān)將在自收到申請延期繳納稅款報告之日起20日內(nèi)作出批準或者不予批準的決定；若不被批準，從繳納稅款期限屆滿之日起納稅人將被加收滯納金。