高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計，是指注冊會計師接受申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一個會計年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表進行審計，并出具專項審計報告。高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計是目前中介機構(gòu)的一項新業(yè)務(wù)，目前在判斷研究開發(fā)項目的性質(zhì)上存在難點。

高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計需要注冊會計師對申報企業(yè)的研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表發(fā)表審計意見，而申報企業(yè)的研究開發(fā)費用和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入的發(fā)生頻率往往較高，單純實施實質(zhì)'陛測試難以為專項審計意見提供充分適當(dāng)?shù)膶徲嬜C據(jù)，因而，注冊會計師對申報企業(yè)內(nèi)部控制的了解和測試就成為降低審計風(fēng)險的重要方法.